ต้นทุนของโครงการ คือ ค่าใช้จ่ายทั้งหมดของโครงการ โดยส่วนใหญ่ประกอบด้วย 2 ส่วน คือ ค่าลงทุนโครงการ และค่าใช้จ่ายในการดำเนินการและบำรุงรักษา (O&M) โดยในการประมาณการค่าลงทุนทางเศรษฐศาสตร์ของโครงการจะใช้ข้อมูลที่ได้จากการประมาณราคาที่แสดงตัวเลขเป็นราคาทางการเงิน (Financial Prices) และนำมาคำนวณหาต้นทุนที่แท้จริงของทรัพยากรที่นำมาใช้ในการดำเนินโครงการ
โดยหักค่าใช้จ่ายที่เป็นรายการต้นทุนแฝงเช่น ภาษี อากร ดอกเบี้ย และเงินสนับสนุนต่าง ๆ เป็นต้น ด้วยค่าตัวคูณทางเศรษฐศาสตร์ (Economic Conversion Factor) ที่แตกต่างกันในแต่ละรายการเพื่อแสดงเป็นราคาทางเศรษฐศาสตร์ เพื่อจะนำต้นทุนของโครงการที่ได้ไปวิเคราะห์ความเป็นไปได้ทางเศรษฐศาสตร์ต่อไป
